Het archief bestaat uit ongeveer 43.000 bestanden, met rond de 80 miljoen pagina's en 8.000 kaarten en tekeningen, al deze bestanden komen voornamelijk van de organisaties die verantwoordelijk zijn voor het bestuur van de overzeese gebiedsdelen. In 1987 werd dit door de UNESCO samen met de kathedraal en het Real Alcázar uitgeroepen tot werelderfgoed.

Na de ontdekking van Amerika koos de Kroon de stad Sevilla als exclusieve haven voor handel met dit continent. De plaats die door kooplieden werd gebruikt om hun commerciële activiteiten uit te voeren, waren de trappen van de kathedraal, rond de ijzeren fontein, gelegen op de plaats die momenteel wordt ingenomen door de kerk van de Sagrario . 

In de jaren 2002 tot 2004 is het gebouw uitgebreid gerestaureerd. Sinds 1987 staat het gebouw op de Werelderfgoedlijst.

Tot de topstukken van het archief horen Miguel de Cervantes' verzoek om een baan, vele stukken over de conquistadores, de geschiedenis van Latijns-Amerika, kolonisatie en kolonialisme in brede zin, zoals de pauselijke bul Inter caetera van paus Alexander VI uit 1493 en een van de twee originelen van het Verdrag van Tordesillas uit 1494. In beide stukken werd voor eeuwen de invloedssferen van Spanje en  Portugal in de Nieuwe Wereld vastgelegd. Er loopt een project voor de digitalisering van ongeveer 15 miljoen pagina's. In 1992 kreeg het Archivo General de Indias de Erasmusprijs vanwege het grote historische belang van deze instelling.

In het museum is een kanon van het Spaans galjoen Nuestra Señora de Atocha te zien. Het schip zonk in 1622 met een lading aan boord die in 1985 400 miljoen dollar waard was.